Tên gọi Sakhalin bắt nguồn từ việc dịch sai tên tiếng Mãn sahaliyan ula angga hada ("hòn đá lởm chởm ở cửa sông Amur"). Sahaliyan, từ được mượn để hình thành "Sakhalin", có nghĩa là "đen" trong tiếng Mãn và là tên tiếng Mãn của sông Amur (sahaliyan ula, nghĩa là "sông đen"). Tên tiếng Nhật của hòn đảo, Karafuto (樺太 (Hoa Thái), Karafuto?), bắt nguồn từ tiếng Ainu kamuy kar put ya mosir (カムイ・カラ・プト・ヤ・モシリ, rút ngắn thành Karput カラ・プト). Tên này được sử dụng bởi người Nhật trong thời gian chiếm đóng phần phía nam hòn đảo (1905–1945).

Vào thời nhà Đường, người Trung Quốc gọi đảo Sakhalin là Quật Thuyết (窟說), Khuất Thuyết (屈設); thời nhà Nguyên gọi là Cốt Ngôi (骨嵬) đến thời nhà Minh thì gọi là Khổ Di (苦夷), Khổ Ngột (苦兀), đến thời nhà Thanh thì gọi là Khố Diệp (庫葉), Khố Dã (庫野) hay Khố Hiệt (庫頁).[4]